中國科研人員揭秘全球首個(gè)牧草領(lǐng)域圖形泛基因組
中新社成都3月3日電 (記者 賀劭清)記者3日從四川農業(yè)大學(xué)獲悉,該校草業(yè)科技學(xué)院黃琳凱教授團隊構建了全球首個(gè)牧草領(lǐng)域圖形泛基因組——美洲狼尾草圖形泛基因組,并揭示了狼尾草耐熱的分子機制。
這一研究成果于北京時(shí)間3日以《Pangenomics identifies structural variation associated with heat tolerance in pearl millet》為題在國際權威學(xué)術(shù)期刊《自然遺傳學(xué)》(Nature Genetics)在線(xiàn)發(fā)表。
美洲狼尾草又名珍珠粟,全球種植面積約達3100萬(wàn)公頃。在中國,美洲狼尾草是重要的飼草、飼料。在非洲等熱帶干旱地區,美洲狼尾草是重要的雜糧作物。
2019年,黃琳凱教授團隊首次公布了鴨茅的高質(zhì)量參考基因組,是中國公布的首個(gè)牧草參考基因組。隨著(zhù)研究的深入以及技術(shù)的進(jìn)步,構建高質(zhì)量的圖形泛基因組成為黃琳凱教授團隊的重要目標。
通過(guò)聯(lián)合國內外多家單位,本次研究從全球8個(gè)地區收集的394份美洲狼尾草核心種質(zhì)中選取10份代表性材料,進(jìn)行基因組從頭組裝,獲得了高質(zhì)量的基因組組裝序列,結合一個(gè)已發(fā)表的基因組構建了首個(gè)美洲狼尾草圖形泛基因組。
當前,全球氣候變暖嚴重威脅世界糧食安全。解析植物的耐熱機制,從而改良植物耐熱性,培育耐高溫的農作物是目前重要的育種目標之一。
起源于非洲的美洲狼尾草,能夠適應極端高溫的氣候,是研究植物耐熱機制的優(yōu)良材料。本次研究通過(guò)對水稻、玉米、高粱等多個(gè)物種進(jìn)行比較基因組學(xué)分析,發(fā)現美洲狼尾草中擴張的RWP-RK轉錄因子家族和內質(zhì)網(wǎng)相關(guān)基因協(xié)同參與耐熱性調控,挖掘并驗證到關(guān)鍵結構變異和調控候選基因3個(gè),其中基因PMF0G00024.1(RWP-RK)在水稻中過(guò)表達也顯著(zhù)提高了耐熱性,將為分子育種提供重要靶點(diǎn)。(完)
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