首個(gè)對葉榕完整基因組發(fā)布 為榕屬植物性別演化提供重要資源
【科技前沿】
光明日報北京4月9日電(記者楊舒)對葉榕是一種廣泛分布于我國南方的植物。近日,中國農業(yè)科學(xué)院深圳農業(yè)基因組研究所農業(yè)基因組學(xué)技術(shù)研發(fā)與應用創(chuàng )新團隊發(fā)布首個(gè)對葉榕的完整基因組,修正了此前學(xué)界對其基因組測序繪制中存在的大量間隙和組裝錯誤,大幅提升了對葉榕基因組的連續性、完整性和準確性,為榕屬植物性別演化提供了重要資源。
據介紹,榕樹(shù)是桑科榕屬800多種植物的統稱(chēng),廣泛分布于熱帶和亞熱帶地區。榕屬植物包含6個(gè)亞屬,一半雌雄同株(單棵榕樹(shù)上包含正常的雌花和雄花),一半功能性雌雄異株(雌榕樹(shù)僅含有雌花,雄榕樹(shù)包含雄花和短花柱雌花)。其中,對葉榕是聚果榕亞屬比較古老的雌雄異株植物,具有明顯的性別分化。從生物學(xué)角度看,解析對葉榕的基因組對研究榕屬植物性別分化及相關(guān)生物學(xué)性狀和基因功能至關(guān)重要,然而,此前對葉榕基因組存在大量的信息缺失和組裝錯誤,阻礙了進(jìn)一步的研究。
在國家自然科學(xué)基金等項目的支持下,科研團隊綜合利用多種測序技術(shù),在原有基因組基礎上重新組裝、完善,發(fā)布了首個(gè)對葉榕所有染色體端粒到端粒完整無(wú)間隙的基因組。該基因組大小371.8兆,所有序列均掛載到14條染色體上,成功注釋了26642個(gè)編碼蛋白基因,經(jīng)評估,基因組的完整度、連續性和準確性均得到了大幅提升。
另?yè)私猓蒲袌F隊還進(jìn)一步組裝榕屬植物首個(gè)完整的性別決定區域,鑒定榕樹(shù)的性別決定基因,并構建對葉榕雄性和雌性花不同發(fā)育時(shí)期的基因調控網(wǎng)絡(luò ),從而發(fā)現雄花發(fā)育的關(guān)鍵基因。
《光明日報》(2024年04月10日 08版)
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